Jednostka Strzelecka 2006 Nowy Sącz aktualnie liczy około 500 strzelców. Struktura organizacyjna Jednostki opierała się głównie na klasach przysposobienia wojskowego (PW), a obecnie klasach mundurowych z Zespołu Szkół nr 2 w Nowym Sączu. Klasy te istnieją od 2005 roku. Pierwsze klasy przechodzą etap szkolenia unitarno–podstawowego, drugie klasy etap szkolenia specjalistycznego, a klasy trzecie etap zaliczeń.



Oprócz klas mundurowych w strukturze organizacyjnej Jednostki funkcjonuje także Kompania wsparcia, która skupia Strzelców nie będących uczniami klasa mundurowych, ale należących do Jednostki. Aktualnie liczy ona około 60 Strzelców. Kompania szkoli się trybem odmiennym, podobnym do tego, jakim szkoliła się Jednostka przed rokiem 2005. Najlepsi Strzelcy z klas mundurowych, jak i z Kompanii wsparcia są powoływani do plutonu rozpoznawczego (tzw. „rozpoznanie”). Zwiadowcy Plutonu rozpoznawczego szkolą się w swoich macierzystych plutonach, a dodatkowo przechodzą szkolenie w „rozpoznaniu”. Istnienie klas mundurowych pozytywnie wpłynęło na usystematyzowanie i ujednolicenie systemu szkolenia Jednostki.

Strzelcy, którzy zakończyli naukę w klasie mundurowej, a wyrażają chęć dalszego działania i pozostania w strukturach Jednostki i Związku piszą wniosek do dowództwa Jednostki o pozostawienie w służbie. Po pozytywnym rozpatrzeniu, nadal czynnie uczestniczą w przedsięwzięciach szkoleniowych i uroczystościach. Mogą zostać skreśleni z listy członków na wniosek własny lub przez dowództwo za długoterminowy brak zaangażowania.