Jednostka Strzelecka 2006 Nowy Sącz powstała w roku 1991, dzięki pierwszemu dowódcy Januszowi Szczerkowskiemu, byłemu żołnierzowi Armii Krajowej, członkowi Szarych Szeregów i przedwojennemu harcerzowi, który dowiedziawszy się o aktywowaniu przedwojennego „Strzelca” postanowił utworzyć Sądecki oddział tej organizacji. Na początku Jednostka składała się z 2 strzelców, którzy po powrocie ze swojego pierwszego Marszu Szlakiem Pierwszej Kompanii Kadrowej, pełni zapału chcieli dorównać Strzelcom z innych jednostek. Dzięki zdeterminowaniu dowódcy, po miesiącu istnienia jednostka liczyła już 40 członków, a dwa miesiące później ku zdziwieniu, a jednocześnie uciesze dowódcy i członków, liczyła około 100 osób. 



Jednostka Strzelecka 2006 Nowy Sącz swój pierwszy znaczący sukces odniosła w 1992 roku podczas obozu zimowego w Wałczu, wygrywając zawody użyteczno-bojowe. Po krótkim czasie została uznana za jedną z najlepszych Jednostek Strzeleckich, co potwierdził następny wielki sukces – dyplom Ministra Obrony Narodowej zdobyty na zawodach wewnątrz organizacyjnych także w Wałczu.

Najtrudniejszy okres przypadł na 1995 rok. 5 grudnia zmarł dowódca nowosądeckiej jednostki Janusz Szczerkowski. Od tego momentu znacznie zmalał potencjał i zapał do pracy członków „Strzelca”. Jego członkowie szybko zdali sobie jednak sprawę, że należy się zmobilizować i kontynuować to, czemu swe serce oddał dowódca. To dzięki niemu „Strzelec” w Nowym Sączu rósł w siłę. Następcą zmarłego dowódcy została jego żona, Gabriela Wil-Szczerkowska. Komenda Główna zdecydowanie poparła ten wybór, co sprawiło, że była ona jedyną kobietą w Polsce zajmującą stanowisko dowódcze w Związku Strzeleckim.

W 1999 roku po powrocie większości kadry z zasadniczej służby wojskowej, praca w jednostce nabrała nowego tempa. Zaczęto nabory w szkołach, coraz większa liczba młodych Sądeczan wyrażała chęć wstąpienia w szeregi „Strzelca”, wyremontowano bazę szkoleniową w Porębie Małej, gdzie znajdowała się świetlica i magazyn. Praca Strzelców była widoczna również poprzez sukcesy odnoszone w różnego typu zawodach i marszobiegach. 

W 2001 roku Strzelcy brali czynny udział w akcji przeciwpowodziowej. Dowództwo Jednostki Strzeleckiej 2006 Nowy Sącz natychmiast podjęło decyzję o uruchomieniu planu alarmowego i zebraniu jak największej liczby chętnych Strzelców do pomocy mieszkańcom i władzom Nowego Sącza. W tym samym dniu w bazie uzbierał się 30 osobowy pluton gotowy do pracy. Pompowali wodę z piwnic, napełniali worki z piaskiem, umacniali wały, usuwali szkody spowodowane przez żywioł, najbardziej potrzebującym ludziom odciętym od świata dostarczali czystą wodę, żywność i odzież. Strzelcy pracowali ramie w ramię m.in. ze Strażą Graniczną iStrażą Pożarną. Nieśli pomoc przez 3 kolejnedniprzez24 godziny na dobę, na zmianę odpoczywając w bazie.

W 2011 rokuJednostka Strzelecka 2006 Nowy Sącz świętowała 20–lecie swojego istnienia. Przy tej okazji Prezydent Miasta Nowego Sącza, podczas uroczystej zbiórki na sądeckim Rynku,wręczył dowódcy Jednostki sztandar. W wydarzeniu wzięli udział Komendant Główny ZS „Strzelec” OSW, przedstawiciele Okręgów Strzeleckich oraz Jednostek Strzeleckich, jak również Wojskowej Komendy Uzupełnień z Nowego Sącza, władz samorządowych iliczniezaproszonych gości. Wyróżnionych zostało wielu zasłużonych dla Jednostki i Związku Strzelców.

Jednostka odnosi znaczne sukcesy w licznych zawodach organizowanych zarówno na szczeblu lokalnym, wojewódzkim, jak i krajowym. Jednym z nich był tytuł mistrza Polski w I Ogólnopolskim Przeglądzie Musztry Klas Mundurowych, który składa się z dwóch części: obowiązkowej oraz dowolnej. W części obowiązkowej reprezentacja pokazuje wybrane elementy musztry z Regulaminu Musztry Sił Zbrojnych RP, natomiast w części dowolnej prezentuje pokaz musztry paradnej w dowolnym układzie. Warto podkreślić, że wysoki poziom prezentowanej musztry został utrzymany do dzisiaj, a reprezentanci Jednostki Strzeleckiej 2006 Nowy Sącz nadal są liderami w kolejnych edycjach Ogólnopolskiego Przeglądu Musztry Klas Mundurowych.

W ostatnich latach dokonał się ogromny postęp w procesie szkolenia. Jednostka zakupiła znaczą ilość sprzętu, w tym symulator strzelecki. Tzw. „laserowa strzelnica”, dzięki swojej mobilności, pozwala na prowadzenie szkolenia ogniowego w pomieszczeniach zamkniętych w czasie niekorzystnych warunków atmosferycznych na zewnątrz. W ten sposób nowoczesny sprzęt kształtuje prawidłowe zachowania i nawyki jeszcze zanim Strzelec otrzyma broń bojową. To w znaczący sposób wpływa na bezpieczeństwo podczas późniejszych strzelań z wykorzystaniem ostrej amunicji. „Laserowa strzelnica” to nie tylko doskonały trenażer, ale także świetna rozrywka.

W latach 2005 – 2006 Jednostka swoje szkolenia prowadziła głownie w paśmie Jaworzyny Krynickiej w Beskidzie Sądeckim w oparciu o schroniska górskie na Wierchomli, Hali Łabowskiej oraz Cyrli. W latach 2007 – 2008 w celu urozmaicenia szkolenia zajęcia odbywały się głównie w Paśmie Radziejowej w Boparciu o schronisko na Przehybie. Od 2009 roku głównym rejonem działalności Jednostki stało się pasmo Małych Pienin oraz Schronisko Górskie „Pod Durbaszką”.